พระเทพคุณาธาร นามเดิมว่า ปู่ขุ่น แซ่เล็ก ภายหลังเปลี่ยนชื่อและสกุลเป็น ผล เล็กสมบูรณ์ ถือกำเนิดในครอบครัวชาวจีนแต้จิ๋ว เป็นบุตรคนเล็กของ นายกิมหลี แซ่เล็ก และ นางเฮียะ แซ่เล็ก เกิดเมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม พ.ศ. 2445 ตรงกับวันพุธ แรม 7 ค่ำ เดือน 6 ปีขาล ณ หมู่บ้านโรงหีบ หรือ สวนสัก ตำบลบ้านคอย อำเภอศรีประจันต์ ปัจจุบันเปลี่ยนเป็นตำบลดอนเจดีย์ อำเภอดอนเจดีย์ จังหวัดสุพรรณบุรี มีพี่น้องร่วมบิดามารดาเดียวกัน 3 คนคือ นายปู่เฮ้า แซ่เล็ก, นายปู่เคี้ยง แซ่เล็ก, และพระเทพคุณาธาร นอกจากนี้ยังมีพี่น้องร่วมบิดา เกิดแต่นางแป้น ซึ่งสมรสภายหลังอีก 8 คน คือ นางเน้ย แซ่เล็ก, นางลั้ง แซ่เล็ก, นายใช้ แซ่เล็ก, นายลักษณ์ แซ่เล็ก, นางเก๊ก แซ่เล็ก, นางกี่ แซ่เล็ก, นายกิ้ว แซ่เล็ก, และ นายลี่ แซ่เล็ก ปัจจุบันครอบครัว แซ่เล็ก ได้เปลี่ยนนามสกุลเป็น เล็กสมบูรณ์ ซึ่งตั้งโดยท่านเจ้าคุณพระเทพคุณาธาร